灭菌室用于对培养基、玻璃器皿及接种工具的灭菌。灭菌室室内应装备水、电等有关设施。墙壁宜防潮湿、耐高温。
一般采用医用或微生物研究用的手提式高压蒸汽灭菌锅，或大型的立式、卧式高压灭菌锅（手动、半自动或全自动）进行灭菌，还有部分不适合湿热灭菌的东西，可以陪烘干箱（干燥箱）灭菌；另要配备手推车（用于运送灭菌培养基）、钟表和计时器。
一般而言，培养基的熬制与分装是房子配置室内进行，但有时配制室面积不足，操作不方便时，也可把熬制与分装放在灭菌室内进行，此事要配置操作台、煤气灶或电磁炉等设备。